En el año 1852 se reglamentaron las Aduanas Nacionales y se dictaron las normas para la libre navegación y comercio en los ríos Paraná y Uruguay. En ese entonces, en la provincia de Entre Ríos existían diversos puertos naturales como los de Bajada Grande, La Paz, Puerto Ruiz y el de Concepcion. Dentro de la misma zona de la Villa del Arroyo de la China había distintos lugares de embarco y desembarco, denominados "puertos", como lo eran Las Carretas, Calvento, Almirón, Las Piedras y Santa Cándida.

Este último establecimiento -hoy una estancia turística de visita obligada- era propiedad del General Urquiza y comenzó sus actividades portuarias en 1847; contaba con muelle, puente de madera y un ferrocarril para facilitar el embarque de los productos hacia puertos europeos y americanos.

El 12 de abril de 1875 la Cámara Legislativa de Entre Ríos sancionó una ley acordando privilegio y garantía para la construcción de un muelle y puente sobre el gran ramal del Uruguay. La ley disponía, además, que el puente tendría una doble vía férrea para ida y vuelta en la extremidad del terraplén que cruzaba la isla y sobre el Río Uruguay. La doble vía no llegó a concretarse y se construyó una sola.

Año a año, la obra crecía y en 1910 se inauguró oficialmente el Puerto de Concepción del Uruguay como lo conocemos hoy. Está considerado el más importante del Río Uruguay.

Hasta el año 1977, la operatividad comercial era escasa, supeditada al arribo de buques tanques cargados con combustibles livianos para la planta de almacenaje de YPF, también era escaso el movimiento fluvial de tráfico vecinal fronterizo de pasajeros con la ciudad de Paysandú (República Oriental del Uruguay).

A partir de aquella fecha, por su importancia, ubicación e infraestructura instalada (muelles, galpones de almacenaje para mercaderías, cámaras de frío, etc.), la actividad comercial, fue incrementándose paulatinamente, arribando buques de ultramar de distintas banderas, debido a las exportaciones de mercaderías, entre las que se pueden citar arroz, soja, madera, etc.